Le parc marin de la Grande Barrière de corail englobe 344 400 kilomètres carrés de structure corallienne vivante, et les îles Whitsunday occupent l'une de ses zones les plus accessibles et biodiversifiées.
Soixante-quatorze îles continentales s'élèvent ici depuis la mer de Corail, leurs récifs frangeants et lagons abrités créant des nurseries naturelles pour plus de 1 600 espèces de poissons et 600 types de coraux durs et mous. Le système récifal lui-même date d'il y a huit mille ans, construit progressivement par des squelettes de carbonate de calcium de polypes pas plus gros qu'un ongle.
Les expéditions de plongée en apnée dans les Whitsundays et la Grande Barrière de corail partent quotidiennement d'Airlie Beach et d'Hamilton Island, atteignant les plateformes extérieures du récif et les patates de corail peu profondes en moins d'une heure par hors-bord ou catamaran. Les récifs frangeants de la région — distincts des récifs ruban de la barrière extérieure plus au large — prospèrent dans des profondeurs d'eau de trois à quinze mètres, la visibilité dépassant souvent trente mètres entre mai et septembre. Les chenaux de marée de Hill Inlet et les pontons protégés de Hardy Reef offrent des environnements contrastés : le premier un lagon au fond sablonneux où les raies glissent sur les herbiers marins, le second un mur abrupt où les poissons-perroquets broutent les fourrés d'acropora et les poissons-clowns s'abritent dans des jardins d'anémones.
Le système de zonage du parc marin, établi en 1975 et affiné en 2004, désigne des zones spécifiques pour les loisirs à faible impact. Les zones jaunes autorisent la plongée en apnée et la baignade ; les zones vertes autorisent la pêche à la ligne mais interdisent la collecte de coraux ou de coquillages. Les opérateurs naviguent quotidiennement entre ces limites, choisissant les sites en fonction de la marée, de la houle et des événements saisonniers de frai du corail qui se produisent cinq à sept nuits après chaque pleine lune à la fin du printemps. Whitehaven Beach — sept kilomètres de sable de silice pur à quatre-vingt-dix-huit pour cent — sert de point de départ naturel, son belvédère nord offrant une perspective aérienne sur la structure en mosaïque du récif.
Les frais de conservation collectés via des permis commerciaux financent le suivi du récif et les programmes d'élimination des étoiles de mer couronne d'épines. Depuis 2016, des épisodes de blanchissement concentrés ont affecté les coraux en eau peu profonde dans les secteurs nord, mais la position à moyenne latitude des Whitsundays et le renouvellement des eaux par les marées ont préservé une grande partie de sa couverture corallienne dure. Les biologistes marins travaillant depuis les stations de recherche de Hook Island et Daydream Island documentent les taux de récupération et le recrutement des polypes, leurs données éclairant les rotations d'accès saisonnières qui répartissent la pression touristique sur plus de soixante sites de plongée et de snorkeling.
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